出勤時間と退勤時間をタイムカードなどで記録したくないので、出勤簿だけで管理している会社もあります。
出勤時間と退勤時間がわかると残業時間など突かれることを恐れているというケースが多いのですが、
実はこれ未払い残業代の請求などで訴訟等になった場合、会社にとってかなり不利になるんですよね。
会社の方で出退勤時間が立証できないためです。

出退勤時間を立証できないと、パソコンの起動・終了時間、近所の駐車場の出場記録、同僚の証言、本人のメモなどがある程度証拠として認められた判例もあります。

冗談に思えるかもしれませんが、こんな判例もありました。―ゴムノイナキ事件（大阪高裁H17.12.1）
夫の帰宅が遅いことを心配した従業員の妻が帰宅時間をノートに記録していたのですが、ある程度証拠能力として認められた判例です。
途中で寄り道をしていたということも考えられるので正確性は欠け、本来であれば立証能力もありません。
しかし会社がタイムカード等による出退勤管理をしていなかったのは、被控訴人会社側の責任によるものであって、これをもって控訴人（従業員）に不利益に扱うべきではないとしたうえで、「具体的な終業時刻や従事した勤務の内容が明らかではないことをもって、時間外労働の立証が全くされていないと扱うのは相当ではない」と判事されました。
これが原因で、労働時間に確たる証拠がなくてもある程度概括的に時間外労働を推認すべきと判断されました。

ですので、会社としては時間管理をしたほうが、万が一争いになっても立証できます。
少なくとも従業員のメモとかを証拠にされることはありません。

管理の方法としてはタイムカードなど客観的に記録できるツールがいいです。
できれば改ざんされにくいようにアナログのタイムカードのほうがいいです。