深夜手当として別途付くわけではありませんが、深夜手当分も平均賃金の算定に加味されます。

一般的な平均賃金の算定方法は次の通りです。

3ヶ月間の賃金総額÷その期間の総暦日数
（基本的に週5日フルタイムで働く場合）

ですが日給時給の場合は
賃金総額÷“労働した総日数”×60％で計算します。

いずれにせよ深夜手当もこの「賃金総額」にカウントされます。
深夜手当分がまるまるもらえるというわけではありませんのでご注意ください。