例えば1日２時間分を定額にした場合、実際の残業時間が1時間以内でしたら問題はありません。
しかし、３時間残業してしまった場合は不足分の1時間分の残業手当をプラスしなければいけません。

また残業手当の定額化は事務処理は確かに簡略化される反面、費用は余計にかかります。
ですので、残業時間の実績管理は常にしておくことが重要です。

また当然ですが給与明細は基本給と分けて置いてください。
残業に対する対価という認識を従業員の方に説明はしてください。